O Museu Egípcio e Rosacruz foi inaugurado em 17 de outubro de 1990, durante a XIII Convenção Nacional Rosacruz, pelo Imperator, frater Christian Bernard, e pelo então Grande Mestre, frater Charles Vega Parucker. A casa ao lado do auditório foi transformada em museu e os detalhes da arquitetura egípcia foram inseridos à construção, que ficou semelhante a uma mastaba – estilo de tumba egípcia construída durante o Reino Antigo.

A princípio, no mesmo prédio, funcionavam tanto o Museu Egípcio quanto a Biblioteca Alexandria. O acervo inicial do museu foi constituído por réplicas de peças autênticas confeccionadas e doadas pelo artista plástico Eduardo D’Ávila Vilela. Este realizava reproduções da arte egípcia antiga desde a década de 1970 e, durante alguns anos, levou para diversas cidades sua exposição, além de manter na cidade de Aparecida um museu com as peças que mais tarde pertenceriam à AMORC-GLP. Na década de 1980 confiou esse acervo primeiramente à Loja Rosacruz São Paulo, e depois à Grande Loja de Língua Portuguesa. Assim, em seu início, o Museu Egípcio e Rosacruz contava com 340 réplicas.

Com o passar do tempo novas peças foram adquiridas. Estas foram realizadas por outros artistas plásticos como Aylton Thomás, Christopher Zoellner, Luiz César Vieira Branco, Moacir Elias Santos, Tathy Zimmermann e Fernando Cunha.

Em seus primeiros anos o museu possuía duas salas, e na primeira exposição foram expostas 150 peças, sendo que a mostra de inauguração se dedicou aos períodos históricos do Egito Antigo, além da religião e mumificação.

Em 1992 a Biblioteca Alexandria ganhou uma sede própria e o ambiente que a abrigava transformou-se em sala de exposição temporária.

Em 11 de abril de 1995 chegou ao Museu Egípcio e Rosacruz a múmia Tothmea, doada pelo Museu Egípcio e Rosacruz de San José – Califórnia. Para abrigá-la, no ano anterior foi criada uma sala com pinturas inspiradas em tumbas do Egito Antigo, dividida em antecâmara e câmara funerária. Esta foi inaugurada no dia 10 de outubro de 1994, como atividade pré-convencional, sendo que o projeto e execução foram realizados pelo artista plástico Luiz César Vieira Branco.

Para sua modernização, em 2012, a AMORC-GLP iniciou a construção de um novo prédio para o Museu Egípcio. No mesmo local de sua sede antiga foi construído um prédio de quatro andares e o museu passou a abrigar o seu piso térreo. Este novo local foi inaugurado no dia 22 de outubro de 2014, durante a XX Convenção Nacional Rosacruz, pelo Imperator, frater Christian Bernard, e pelo Grande Mestre Emérito, frater Hélio de Moraes e Marques.

Neste novo local a múmia Tothmea recebeu uma nova tumba – sua “Casa da Eternidade”, com pinturas que seguem o modelo das tumbas egípcias do Reino Novo, mais especificamente da XVIII dinastia. Esta foi realizada por Eduardo D’Ávila Vilela e o projeto foi elaborado pelo arqueólogo Moacir Elias Santos. A cada dois anos o Museu Egípcio e Rosacruz oferece uma nova exposição ao público visitante, para que as cerca de 750 peças que compõem atualmente seu acervo possam estar disponíveis para o conhecimento do público.